In pochi lo sanno, ma una certa storiografia riconduce la fondazione della città di Manfredonia ad un atto notarile che è stato emanato dalla castra di Orta, il primo bastione medioevale (sul quale fu poi costruito il Palazzo Ex Gesuitico) attorno al quale è nata la città di Orta Nova. Nonostante ci siano diverse teorie in merito a questo racconto, la storia riporta la sottoscrizione di un documento – il cosiddetto Datum Orte – che Manfredi, figlio illegittimo di Federico II ed erede al trono, firmò proprio dal castello di Orta Nova nel 1263.
Con questo atto si consigliava alla popolazione sipontina di spostarsi verso un territorio più salubre e più al riparo da maremoti e terremoti che si erano verificati negli anni precedenti. Il territorio individuato era quello sul quale attualmente sorge la città di Manfredonia. In ragione di ciò alcuni studiosi ritengono che non si possa parlare di un vero e proprio atto fondativo di una nuova città, in quanto sul posto vi erano già degli insediamenti antecedenti. Infatti, come testimoniano diversi atti storici, il porto di Siponto era attivo già dall’epoca dei romani ed era il fulcro dei commerci nel Mediterraneo, insieme ad altri centri dalla lunga tradizione marittima. Da ciò è facile immaginare che nelle zone circostanti al porto, anche nel 1200 permanessero dei nuclei abitativi, scampati alle numerose calamità naturali che interessarono la zona del Golfo in quell’epoca.
Nonostante queste due teorie, resta il fatto che il Datum Orte diede grande impulso alla creazione di un nuovo nucleo che poi prenderà il nome proprio da Manfredi. Una curiosità sulla fondazione di Manfredonia, vuole che, dopo aver fatto costruire in direzione del mare metà delle mura i fortini, i baluardi e la torre di San Francesco, Manfredi tornò a Foggia recandosi spesso presso il “cantiere” di Manfredonia. Ordinò che si facesse costruire una campana dalla risonanza così forte da potersi sentire anche nell’entroterra e che potesse avvertire di ogni pericolo se la città fosse stata assalita “mentr’ era così poco habitata”. Provò lui stesso la campana e “perché non suonava abbastanza forte, la fece fondere, aggiungendo più metallo”.